TY - JOUR AU - Millan, M. J. AU - Agid, Y. AU - Brune, M. AU - Bullmore, E. T. AU - Carter, C. S. AU - Clayton, N. S. AU - Connor, R. AU - Davis, S. AU - Deakin, B. AU - DeRubeis, R. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Cognitive dysfunction in psychiatric disorders: characteristics, causes and the quest for improved therapy JO - Nat Rev Drug Discov VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrd3628 DO - 10.1038/nrd3628 ID - Millan2012 ER - TY - JOUR AU - Kim, K. Y. AU - Kim, B. J. AU - Yi, G. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Reuse of imputed data in microarray analysis increases imputation efficiency JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-160 DO - 10.1186/1471-2105-5-160 ID - Kim2004 ER - TY - JOUR AU - Hwang, T. AU - Sun, C. H. AU - Yun, T. AU - Yi, G. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - FiGS: a filter-based gene selection workbench for microarray data JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-50 DO - 10.1186/1471-2105-11-50 ID - Hwang2010 ER - TY - JOUR AU - Yun, T. AU - Hwang, T. AU - Cha, K. AU - Yi, G. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - CLIC: clustering analysis of large microarray datasets with individual dimension-based clustering JO - Nucleic acids research VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq516 DO - 10.1093/nar/gkq516 ID - Yun2010 ER - TY - JOUR AU - Yun, T. AU - Yi, G. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Biclustering for the comprehensive search of correlated gene expression patterns using clustered seed expansion JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-144 DO - 10.1186/1471-2164-14-144 ID - Yun2013 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Sun, C. H. AU - Hwang, T. AU - Oh, K. AU - Yi, G. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - DynaMod: dynamic functional modularity analysis JO - Nucleic acids research VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq362 DO - 10.1093/nar/gkq362 ID - Sun2010 ER - TY - JOUR AU - Cooper-Knock, J. AU - Kirby, J. AU - Ferraiuolo, L. AU - Heath, P. R. AU - Rattray, M. AU - Shaw, P. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gene expression profiling in human neurodegenerative disease JO - Nat Rev Neurol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrneurol.2012.156 DO - 10.1038/nrneurol.2012.156 ID - Cooper-Knock2012 ER - TY - JOUR AU - Duke, D. C. AU - Moran, L. B. AU - Kalaitzakis, M. E. AU - Deprez, M. AU - Dexter, D. T. AU - Pearce, R. K. AU - Graeber, M. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transcriptome analysis reveals link between proteasomal and mitochondrial pathways in Parkinson's disease JO - Neurogenetics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1007/s10048-006-0033-5 DO - 10.1007/s10048-006-0033-5 ID - Duke2006 ER - TY - JOUR AU - Kudo, L. C. AU - Parfenova, L. AU - Vi, N. AU - Lau, K. AU - Pomakian, J. AU - Valdmanis, P. AU - Rouleau, G. A. AU - Vinters, H. V. AU - Wiedau-Pazos, M. AU - Karsten, S. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrative gene-tissue microarray-based approach for identification of human disease biomarkers: application to amyotrophic lateral sclerosis JO - Hum Mol Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddq232 DO - 10.1093/hmg/ddq232 ID - Kudo2010 ER - TY - JOUR AU - Simpson, J. E. AU - Ince, P. G. AU - Shaw, P. J. AU - Heath, P. R. AU - Raman, R. AU - Garwood, C. J. AU - Gelsthorpe, C. AU - Baxter, L. AU - Forster, G. AU - Matthews, F. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Microarray analysis of the astrocyte transcriptome in the aging brain: relationship to Alzheimer's pathology and APOE genotype JO - Neurobiol Aging VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.neurobiolaging.2011.04.013 DO - 10.1016/j.neurobiolaging.2011.04.013 ID - Simpson2011 ER - TY - JOUR AU - Voineagu, I. AU - Wang, X. AU - Johnston, P. AU - Lowe, J. K. AU - Tian, Y. AU - Horvath, S. AU - Mill, J. AU - Cantor, R. M. AU - Blencowe, B. J. AU - Geschwind, D. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Transcriptomic analysis of autistic brain reveals convergent molecular pathology JO - Nature VL - 474 UR - https://doi.org/10.1038/nature10110 DO - 10.1038/nature10110 ID - Voineagu2011 ER - TY - JOUR AU - Xu, L. AU - Tan, A. C. AU - Winslow, R. L. AU - Geman, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Merging microarray data from separate breast cancer studies provides a robust prognostic test JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-125 DO - 10.1186/1471-2105-9-125 ID - Xu2008 ER - TY - JOUR AU - Dao, P. AU - Colak, R. AU - Salari, R. AU - Moser, F. AU - Davicioni, E. AU - Schonhuth, A. AU - Ester, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Inferring cancer subnetwork markers using density-constrained biclustering JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq393 DO - 10.1093/bioinformatics/btq393 ID - Dao2010 ER - TY - JOUR AU - Johnson, W. E. AU - Li, C. AU - Rabinovic, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods JO - Biostatistics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxj037 DO - 10.1093/biostatistics/kxj037 ID - Johnson2007 ER - TY - CHAP AU - Han, Y. AU - Sun, C. H. AU - Kim, M. S. AU - Yi, G. S. PY - 2009 DA - 2009// BT - Combined Database System for Binary Protein Interaction and Co-complex Association ID - Han2009 ER - TY - JOUR AU - Ryan, M. M. AU - Lockstone, H. E. AU - Huffaker, S. J. AU - Wayland, M. T. AU - Webster, M. J. AU - Bahn, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Gene expression analysis of bipolar disorder reveals downregulation of the ubiquitin cycle and alterations in synaptic genes JO - Mol Psychiatry VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/sj.mp.4001875 DO - 10.1038/sj.mp.4001875 ID - Ryan2006 ER - TY - JOUR AU - Davis, S. AU - Meltzer, P. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - GEOquery: a bridge between the Gene Expression Omnibus (GEO) and BioConductor JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm254 DO - 10.1093/bioinformatics/btm254 ID - Davis2007 ER - TY - CHAP AU - Smyth, G. K. ED - Gentleman, R. ED - Carey, V. ED - Dudodit, S. ED - Irizarry, R. ED - Huber, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Limma: linear models for microarray data BT - Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor PB - Spinger CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-29362-0_23 DO - 10.1007/0-387-29362-0_23 ID - Smyth2005 ER - TY - JOUR AU - Chen, C. AU - Grennan, K. AU - Badner, J. AU - Zhang, D. AU - Gershon, E. AU - Jin, L. AU - Liu, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Removing batch effects in analysis of expression microarray data: an evaluation of six batch adjustment methods JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017238 DO - 10.1371/journal.pone.0017238 ID - Chen2011 ER - TY - CHAP AU - Lazar, C. AU - Meganck, S. AU - Taminau, J. AU - Steenhoff, D. AU - Coletta, A. AU - Molter, C. AU - Weiss-Solis, D. Y. AU - Duque, R. AU - Bersini, H. AU - Nowe, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Batch effect removal methods for microarray gene expression data integration: a survey BT - Brief Bioinform ID - Lazar2012 ER - TY - JOUR AU - Sun, C. H. AU - Kim, M. S. AU - Han, Y. AU - Yi, G. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - COFECO: composite function annotation enriched by protein complex data JO - Nucleic acids research VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp331 DO - 10.1093/nar/gkp331 ID - Sun2009 ER - TY - JOUR AU - Becker, K. G. AU - Barnes, K. C. AU - Bright, T. J. AU - Wang, S. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - The genetic association database JO - Nature genetics VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng0504-431 DO - 10.1038/ng0504-431 ID - Becker2004 ER - TY - JOUR AU - Whirl-Carrillo, M. AU - McDonagh, E. M. AU - Hebert, J. M. AU - Gong, L. AU - Sangkuhl, K. AU - Thorn, C. F. AU - Altman, R. B. AU - Klein, T. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Pharmacogenomics knowledge for personalized medicine JO - Clinical pharmacology and therapeutics VL - 92 UR - https://doi.org/10.1038/clpt.2012.96 DO - 10.1038/clpt.2012.96 ID - Whirl-Carrillo2012 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. AU - Furumichi, M. AU - Tanabe, M. AU - Hirakawa, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs JO - Nucleic acids research VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp896 DO - 10.1093/nar/gkp896 ID - Kanehisa2010 ER - TY - JOUR AU - Yu, W. AU - Gwinn, M. AU - Clyne, M. AU - Yesupriya, A. AU - Khoury, M. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - A navigator for human genome epidemiology JO - Nature genetics VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng0208-124 DO - 10.1038/ng0208-124 ID - Yu2008 ER - TY - JOUR AU - Bodenreider, O. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Unified Medical Language System (UMLS): integrating biomedical terminology JO - Nucleic acids research VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh061 DO - 10.1093/nar/gkh061 ID - Bodenreider2004 ER - TY - JOUR AU - Aronson, A. R. AU - Lang, F. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - An overview of MetaMap: historical perspective and recent advances JO - Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA VL - 17 UR - https://doi.org/10.1136/jamia.2009.002733 DO - 10.1136/jamia.2009.002733 ID - Aronson2010 ER -